سازمان Sinapsa – انفرادی برای باسون

preyanyaptic. در طول یک دهه گذشته ، علاقه قابل توجهی به درک نقش ژنهای سیناپسی در اختلالات بازی نورو و صرع وجود داشته است. در حالی که ما در شرایطی از قبیل پیشرفت قابل توجهی داشته ایم stxbp1“” و سینمایاختلالات مرتبط با آن ، بسیاری از ژنهای سیناپسی مشخص نشده باقی مانده اند. در یک انتشار اخیر ، ما دامنه فنوتیپی بیشترین عضو این گروه از ژن ها را بیان کردیم: BSNکدگذاری پروتئین بارداری ، باسون. در اینجا نحوه رمزگشایی منظره BSN-تخلفات متصل ، ادغام داده ها و مجوزها به دنیای واقعی.

هایدلبرگ ، DKFZ. باسون ، من نمی دانم که به یاد دارید ، اما برای اولین بار که مدتها پیش با هم آشنا شدیم. در پاییز سال 1998 ، من به جستجوی موضوعی برای پایان نامه دکتری خود ، به مجموعه ای از نمایش های علوم اعصاب در مرکز تحقیقات سرطان آلمان (DKFZ) گوش کردم. من به یاد می آورم که در مورد Piccolo و Bassoon: دو پروتئین جدید Preinaptic که اخیراً مشخص شده اند ، ارائه می دهم. نه تنها نام خلاق برای من گیر کرده است ، بلکه جذابیت هایی را که هنوز هم برای درک سیناپس وجود دارد ، وجود دارد. Piccolo رمزگذاری شده توسط PCLO ژان از آن زمان در یک شکل مغلوب سندرم پیت هاپکینز درگیر شده است ، اما نقش باس در اختلالات مغزی نامشخص است.

وارد یک باس شوید. این وضعیت هنگامی که ما شناسایی کردیم تغییر کرده است دن نوو گزینه ها در BSN در دو نفر مشاهده شده در کلینیک عصبی ما. ما متعاقباً 13 نفر دیگر را پیدا کردیم de novo bsn گزینه های Genematcher ، که روش سنتی جمع آوری اطلاعات برای افراد با ژنهای جدید است که با آزمایش تشخیصی مشخص می شوند. با این حال ، سوال ما کمی گسترده تر از اطلاعات دریافت شده از این پایگاه داده بود. ما قبلاً از سایر ژنهای تازه تعیین شده صرع می دانستیم که آزمایش تشخیصی اغلب معاینه کاملی از طیف بیماری را ارائه نمی دهد و در عوض می تواند درک چشم انداز فنوتیپی را تحریف کند. به همین دلیل است که ما از ابزارهای علوم داده ای که تیم ما در طی چند سال گذشته توسعه داده است استفاده کرده ایم تا خودمان را در کوره های مختلفی که به آنها دسترسی داریم غوطه ور کنیم. آنچه به عنوان یک داستان معمولی برای تشخیص ژن آغاز شد ، ناگهان به یک درس ادغام داده ها تبدیل شده است. این داستان در قلب انتشار ما با استیسی گوزمن به عنوان اولین نویسنده است. این پروژه بخشی از پایان نامه دکتری اخیراً محافظت شده از استیسی بود.

BIOBIPS و EMR. به من اجازه دهید توضیحات خود را مکث کنم BSN و یک پلاگین برای Biorers قرار دهید. یک موضوع واحد وجود دارد که ممکن است در آخرین ارائه ها و پست های وبلاگ من متوجه آن شده باشید: ما از داده های موجود به همان اندازه که باید استفاده نمی کنیم. اطلاعات بالینی در مورد یک بیماری نادر وجود ندارد ، در منابع مختلف ، بانکهای اطلاعاتی و مجلسی که در ابتدا برای ارائه این اطلاعات به جامعه بالینی و تحقیقاتی ایجاد شده اند ، وجود دارد. داده های مربوط به یک بیماری نادر نادر نیست – همه گیر است – اما ما باید بدانیم که چگونه به آن دسترسی داشته باشیم. به عنوان مثال ، برای شرایطی مانند stxbp1. ، سینماییا SCN8aما می دانیم که صدها بیمار با داده های مشاهده در پایگاه داده های موجود ، سوابق پزشکی الکترونیکی و بیوروستر دفن شده اند که می توانیم برای بهبود آمادگی برای آزمایشات بالینی ، رمزگشایی کنیم و به داده های تاریخ طبیعی تبدیل شویم. ما می توانیم از این اطلاعات برای ایجاد دانش واقعی در مورد شرایط نادر که اطلاعات کمی در آن وجود داشت ، استفاده کنیم. اما آیا ما همچنین می توانیم این ابزارها را برای ژنهای جدید مانند آشکار کنیم BSN؟

او BSN طیف به نظر می رسد که ما واقعاً می توانیم از اطلاعات توزیع شده در Biobans استفاده کنیم تا ایده قابل توجهی بیشتر از آن بدست آوریم BSNتخلفات مرتبط با آنچه انتظار داشتیم. در حقیقت ، بیش از نیمی از 29 نفری که در مطالعه خود گنجانده ایم ، توسط داده های BioBank مشخص شد. فقط از طریق این داده ها مجموعه کاملی از خصوصیات فنوتیپی از BSN-اختلالات مرتبط رخ داده است. این به عنوان طیف بیماری مرتبط با آن بسیار مهم بود BSN گزینه ها برای اختلال سیناپسی تا حدودی غیرمعمول است. بیش از نیمی از همه افراد شواهدی از اوتیسم یا تأخیر در توسعه نداشتند ، که مشخص می شود BSN جدا از شرایط مختلف سیناپسی دیگر به جز stx1bتخلفات مرتبط با آن. تقریباً 50 ٪ از کل افراد دارای BSN گزینه ها صرع دارند ، اما فنوتیپ در بزرگسالان نرم تر به نظر می رسد. چاقی یک ویژگی غیرمعمول متداول است که در بیش از یک سوم انسان مشاهده می شود و منعکس کننده برخی از ویژگی های مبتنی بر CNS باس است. با این حال ، مانند سایر اختلالات سیناپس ، BSN همچنین می تواند یک بیماری جدی ایجاد کند: ما فردی را با یک شناسایی کرده ایم de novo bsn گزینه با آنسفالوپاتی نوزادان از طریق بیوروپوسیتوریا ساکن. واضح است که BSN آیا شخص خودش در بین اختلالات سیناپس وجود دارد ، اما چگونه با سایر اختلالات عصبی ژنتیکی متفاوت است؟

مقایسه BSNحرف ما همچنین توانسته ایم قضاوت کنیم که چگونه BSN این مقایسه با سایر اختلالات توسعه عصبی با مقایسه منظم با یک گروه بزرگ از 14 895 نفر که دچار یک شرکت شده اند ، مقایسه می شود. ما دریافتیم که تشنج تب و خصوصیات رفتاری بیش از پنج برابر بیشتر در افراد با افراد متداول است BSN انواع افراد با سایر اختلالات توسعه عصبی. علاوه بر این ، BSN حامل ها فنوتیپی از آنچه انتظار داشتیم به طور تصادفی انتظار داشته باشیم ، تأکید می کنند که یک امضای خوب اما قابل تشخیص ، فنوتیپی که در طیف گسترده ای از اختلالات مرتبط با باس پنهان است وجود دارد. این تجزیه و تحلیل ها با استفاده از یک تجزیه و تحلیل فنوتیپ سیستماتیک از طریق هستی شناسی فنوتیپ انسانی (HPO) انجام شد ، تکنیکی که ما چند سال پیش در انتشارات وبلاگ خود معرفی کردیم.

آنچه شما باید بدانید BSNکدگذاری باس پروتئین قبل از potentic یک ژن جدید برای اختلالات عصبی -دفع کننده با طیف گسترده ای از فنوتیپ ها اعم از افراد مبتلا به صرع و رشد معمولی به تشنج نوزادان و اختلالات بینایی قشر است. با توجه به این طیف ، ژنهایی مانند BSN آنها به یک رویکرد جدید برای ارزیابی داده ها نیاز دارند. ما بررسی کرده ایم که چگونه می توان اطلاعات مهم در مورد فنوتیپ ها را از Biorers موجود بدست آورد و دریافتیم که چنین ارزیابی یک معاینه جامع تر از ارزیابی افراد تشخیص داده شده بالینی را ارائه می دهد. قاب هایی مانند مواردی که تجمع داده ها را در BioReosoppers و داده های دنیای واقعی ترکیب می کنند ، برای تعیین نتایج معنی دار و نقاط پایانی برای آزمایشات بالینی در آینده مهم خواهند بود.

اینگو هلبیگ یک متخصص مغز و اعصاب و اکسپلورر در ژنتیک صرع است که در بیمارستان کودکان فیلادلفیا (CHOP) ، ایالات متحده کار می کند.