شناسایی مهارکننده‌های جدید PqsD در سیلیکو: مولکول‌های امیدوارکننده برای تداخل با سنجش حد نصاب در سودوموناس آئروژینوزا

PqsD یک آنترانیلوئیل ترانسفراز آنترانیلویل-CoA است که در سنتز متابولیت های ثانویه ضروری برای تشکیل سودوموناس مولکول های القا کننده سیگنالینگ کینولون (PQS). سوبسترای اولیه آن آنترانیلویل کوآنزیم A (ACoA) است، اما می تواند مالونیل-CoA را به عنوان یک بستر ثانویه بپذیرد. سرکوب فعالیت PqsD با مهار تشکیل بیوفیلم همراه است و همچنین ممکن است هدف خوبی برای مهار دوگانه در صورت ترکیب با مهار PqsR باشد. در اینجا اعتبار سنجی و پیاده سازی an را شرح می دهیم در سیلیکو روش برای یافتن ترکیبات جدید برای مهار PqsD. با استفاده از اتصال مولکولی و پروتکل‌های غربالگری مجازی مبتنی بر ساختار، پنج پایگاه داده ترکیبی (زیرمجموعه مورد تایید FDA از پایگاه داده ZINC، Chimiothèque Nationale، Mu.Ta.Lig. Virtual Chemotheca، Interbioscreen (IBS) و یک پایگاه داده جامع) برای Marine Natural غربالگری شدند. محصولات (CMNPD))، که در مجموع 221146 مولکول را نشان می دهد. پنج ترکیب اول از هر پایگاه داده برای تجزیه و تحلیل بیشتر توسط شبیه سازی دینامیک مولکولی انتخاب شدند. میل اتصال با استفاده از محاسبات انرژی آزاد تأیید شد، که امکان انتخاب و مشخصه‌یابی هشت ترکیب را برای مطالعات آینده با هدف توسعه بازدارنده‌های جدید سنجش حد نصاب فراهم می‌آورد.